Covid-19 : Comment le variant B.1.620 camerounais a été découvert
Gytis Dudas

Gytis Dudas Chercheur et scientifique suédois parle de la provenance de cette nouvelle variante de la Covid-19 et revient sur le processus de sa découverte.

Quand exactement ont eu lieu les recherches sur la nouvelle variante B.1.620 découverte sur des voyageurs ayant quittés le Cameroun ?

L’étude s’est faite très rapidement. Nous avons repéré B.1.620 dans les données de séquençage lituaniennes le 10 avril. Le 11 avril, nous savions que c’était quelque chose de très inhabituel et digne d’attention. Le 13 avril 2021, Guy Baele et moi avons fait équipe. Le 20 avril, Sébastien Calvignac-Spencer nous a contactés à propos des séquences B.1.620 de la République centrafricaine, et le reste du temps, on a envoyé des emails pour obtenir plus d’informations sur les génomes. Soumis à GISAID, coordonner les collaborateurs et exécuter les analyses. Cela nous a pris 23 jours entre l’observation initiale et le manuscrit et cela a probablement été mon projet le plus rapide.

Comment expliquez-vous l’origine de cette variante ?

L’origine ultime de la lignée B.1.620 est encore un mystère. Nous avons identifié B.1.620 parce qu’il provoquait une épidémie en Lituanie et semblait être apparu de nulle part. Nous avons pu trouver des virus B.1.620 ailleurs en Europe (Belgique, France, Allemagne, Espagne,
Royaume-Uni), mais le variant n’était pas commun dans un de ces pays en particulier. Ce qui a immédiatement suggéré une origine non européenne pour cette lignée. Notre premier indice était un génome B.1.620 de France où il était mentionné que la personne avait récemment voyagé du
Cameroun. Nous avons trouvé plus de cas de voyage en Belgique, en Suisse et en France, et dans tous les cas, la personne avait voyagé depuis le Cameroun. Nous avons contacté Sébastien Calvignac-Spencer (Institut Robert Koch, Allemagne) qui avait des collègues travaillant avec le WWF en République centrafricaine près de la frontière avec le Cameroun qui
ont récemment trouvé du B.1.620 lors d’une épidémie là-bas. Cela a résolu l’histoire de l’origine du B.1.620 juste avant sa découverte en Europe. Malheureusement, nous ne pouvons pas dire si le B.1.620 a également évolué en Afrique Centrale ou si l’Afrique Centrale a juste
des liaisons de voyage suffisantes vers l’Europe pour être un tremplin pour toute variante qui y atteint des fréquences suffisamment élevées. Un séquençage plus poussé dans toute l’Afrique pourrait résoudre ce problème à l’avenir.

Combien de cas avez-vous déjà identifiés ?

C’est difficile à dire pour tous les pays d’Europe. En Lituanie, nous utilisons souvent des tests PCR ciblés pour détecter la mutation E484K dans des échantillons de SARS-CoV-2. Certains d’entre eux sont redirigés vers le séquençage et c’est ainsi que nous avons trouvé le B.1.620 en
Lituanie. Étant donné que les lignées avec E484K sont rares en Lituanie, nous estimons que la Lituanie avait jusqu’à présent au moins 230 cas causés par B.1.620. Je ne peux pas dire comment B.1.620 trouve son chemin vers le séquençage dans d’autres pays d’Europe, mais en supposant
que tout soit échantillonné au hasard, cela indiquerait que B.1.620 n’est pas très courant en Europe à l’heure actuelle.

Peut-on déjà dire qu’il existe bien une variante camerounaise du Covid-19 ?
Je préfère utiliser la terminologie technique pour les lignées SARS-CoV-2 (donc B.1.620) car faire référence aux lignées par géographie peut induire le public en erreur sur les risques et conduire à la stigmatisation des pays et des personnes qui voyagent.  À l’heure actuelle, nous pouvons dire que le B.1.620 circule au Cameroun et en République centrafricaine, et que le B.1.620 semble avoir trouvé son chemin vers l’Europe principalement à travers le Cameroun. Mais cela ne signifie pas nécessairement que l’Afrique Centrale est l’endroit où le B.1.620 a évolué à l’origine, mais simplement que l’Afrique Centrale était le dernier arrêt avant que le B.1.620 ne se rende en Europe et en Amérique du Nord. Pour le moment, nous ne pouvons pas dire avec certitude où B.1.620 a évolué car si certains pays d’Afrique ont très bien réussi le séquençage, certains des voisins régionaux du Cameroun, comme le Tchad, le Soudan ou le Soudan du Sud, n’ont soumis aucun génome du SARS-CoV-2 à GISAID du tout, tandis que d’autres, comme la République Centrafricaine, comptent sur l’INRB en RDC voisine pour faire le séquençage à leur place.

Quelles sont les caractéristiques de cette variante B.1.620 du Coronavirus ?

Il est généralement difficile de prédire précisément comment un variant se comportera en se basant uniquement sur la séquence du génome. Le mieux que nous puissions faire est de voir quelles sont les variantes de mutations qui ont eu beaucoup de succès (comme B.1.1.7 ou B.1.351). C’est ce qui a attiré notre attention sur B.1.620. Au départ, la plupart de ses mutations et délétions ont été observées dans les lignées B.1.1.7, B.1.351 ou P.1 ce qui nous a signalé que son comportement pourrait peut-être être également modifié de la même manière.  Nous pouvons prédire certains aspects mieux que d’autres. Nous sommes quelque peu certains que B.1.620 sera plus susceptible d’infecter les gens après avoir été vaccinés ou s’ils étaient malades avec une souche différente qui ne porte pas la mutation E484K. Pour le moment, nous ne pouvons pas dire si elle a un avantage de transmission comme B.1.1.7 – la transmissibilité est intrinsèquement plus difficile à traiter et le moyen le plus évident mais indésirable de le savoir est de l’observer lorsque les cas commencent à augmenter, lorsqu’il est trop tard pour le faire. Nous savons qu’il existe des groupes qui mènent actuellement des analyses pour vérifier si B.1.620 peut échapper aux anticorps dirigés contre les souches vaccinales, et un récent rapport du gouvernement lituanien sur B.1.620 au sujet de 101 cas séquencés (où nous pourrions confirmer définitivement B.1.620), 13 étaient des individus entièrement vaccinés, dont 5 avaient moins de 57 ans.

Comment se manifeste-t-il ?

En tant que personnes travaillant dans le domaine du séquençage, nous n’avons pas accès aux informations individuelles sur les patients, mais les épidémiologistes en Lituanie ont déclaré que de nombreux cas (en particulier ceux entièrement vaccinés) étaient bénins ou asymptomatiques. Cela ajoute du poids à notre suspicion selon laquelle même si les vaccins pourraient ne pas protéger contre l’infection par certaines variantes, ils pourraient prévenir des maladies graves et la mort.

Dans quel pays cette variante a-t-elle été découverte et par des chercheurs de quel pays ?

Cela devient délicat. Le plus ancien génome qui appartient définitivement à cette lignée est de Guinée Equatoriale, où le cas était un voyageur du Cameroun, le 2 février. Le premier génome à être soumis à GISAID était de Belgique, mais ce n’était pas le plus ancien génome d’Europe. Ce titre revient à un génome de France (26 février) qui était également le seul génome à avoir des informations sur le voyage au Cameroun. La Lituanie est l’endroit où le B.1.620 a été identifié plus tard, mais c’était le premier endroit où il a été remarqué comme quelque chose d’inhabituel et digne d’attention. Donc, la réponse courte est que plusieurs personnes ont contribué à la découverte de manière significative, mais aucun individu ne peut être désigné comme “le héros”, tout comme dans le reste de la science. Si l’une de ces observations individuelles était déconnectée, elle n’aurait pas de sens ou n’attirerait pas l’attention. Mais ensemble, elles forment une histoire convaincante et alarmante qui appelle à l’action.

Avez-vous informé les autorités camerounaises de la découverte de cette variante ?

Non, nous n’avons pas prévenus les autorités. En tant que chercheurs, nous nous concentrons sur l’analyse des données et sur la présentation de nos résultats aux collègues et aux autorités appropriées. Lorsque nous avons identifié le B.1.620, nous en avons informé l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et le Centre européen de contrôle et de prévention des maladies.  Il appartiendra aux experts travaillant dans des organisations internationales comme celles-là de juger s’ils trouvent la situation suffisamment alarmante. Si c’est le cas, ils émettront des alertes appropriées. Nous devons également garder à l’esprit que parfois les pays n’ont pas les ressources ou l’expertise nécessaires pour agir sur de nouvelles informations, et parfois il est trop tard.

Cela s’est produit en Lituanie à de nombreuses reprises – des tests PCR ciblés pour des mutations spécifiques ont été déployés car le séquençage ne pouvait pas fournir de résultats assez rapidement et nous avons encore du mal à utiliser les données de séquence dans leur pleine mesure en temps opportun car nos épidémiologistes ne sont pas encore formés pour travailler avec des données génétiques (un problème courant partout), et nous sommes sévèrement limités en personnel qui peut interpréter ces données (seulement moi-même en fait). Nous avons également dû accepter que certaines batailles aient été perdues avant même de commencer, lorsque le séquençage a commencé en Lituanie en février, il était déjà trop tard pour arrêter B.1.1.7 et nous ne pouvions que regarder comme il est devenu la variante dominante de l’épidémie de Lituanie.

Réalisé par Marthe NDIANG

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